Posizioni segrete sono livelli nascosti che possono essere sbloccati ottenendo mappe che di solito si trovano nei segreti dei livelli. Al momento ci sono 6 livelli segreti del continente, 7 DLC e 4 esclusivi di Ancient Hunt. Loro includono:

sbloccabile

Cripta inquietante
Arch Haven
Grotta fradicia
Tempio Inferiore
Underhalls
Altopiano del Panda (DLC)
Insediamento perso (DLC)
Bastione colossale (DLC)
Fortezza del Nether (DLC)
Foresta cremisi (DLC)
Soul Sand Valley (DLC)
Burrone radioso (DLC)
?

Esclusiva Caccia Antica

Grotta del ragno
Dimora dei boschi
Prigione dei boschi
Stanza dell'oro

I livelli segreti non vengono visualizzati sulla minimappa finché il livello da cui viene sbloccato il livello segreto non viene cancellato escludendo ??? che appaiono sulla mappa solo quando viene raccolta la sua pergamena. Non hanno alcun valore per la storia principale e quindi non sono necessari per sbloccare altri livelli.

La maggior parte dei livelli segreti viene sbloccata trovando pergamene nelle aree segrete dei livelli principali. Tutti i livelli hanno una probabilità del 100% di generare la pergamena, ad eccezione di Panda Plateau (da Dingy Jungle) (Jungle Awakens DLC), Lost Settlement (da Frosted Fjord) (Creeping Winter DLC), Colossal Rampart (da Windswept Peaks ) (DLC Howling Peaks) e Radiant Ravine (da Coral Rise) (DLC Hidden Depths), che hanno la possibilità di generare l'area segreta.

Il ??? livello è sbloccato in modo diverso. Dopo essere entrati nell'area della chiesa al campo (a cui è possibile accedere dopo aver completato Obsidian Pinnacle per impostazione predefinita), i giocatori possono accedere alle stanze delle rune in ogni livello principale non DLC. Dopo aver ottenuto tutte le rune trovate in ogni stanza delle rune e averle posizionate nell'area della chiesa al campo, viene rivelata una stanza dove si trova il "???" può essere sbloccato insieme a 2 forzieri di ossidiana.

Ci sono anche una serie di luoghi speciali che possono essere trovati solo durante le antiche cacce. Questi livelli non possono essere sbloccati in alcun modo, a meno che non vengano utilizzati hack.